A Congregação Mariana Universitária foi fundada em 1962, com o objetivo de dar ao estudante universitário uma formação integrada: sair do banco de dados da universidade (intelecto) para trabalhar mais as áreas emotivas e volitivas, conseguindo do estudante uma formação humana e mais comprometida com a sociedade.

O grupo era constituído por universitários e profissionais das áreas de ciências sociais, ciências médicas e ciências exatas.

De 1963 a 1970, foram desenvolvidos trabalhos no Alto Sertão da Bahia, através do envio de caravanas de universitários, tendo este programa inspirado a criação da Operação Rondon em 1965, a nível nacional.

Em 1970, houve uma mudança significativa: passou-se de formação individual à prática da doutrina e formação adquiridas.

A partir de 1970, deu-se início ao trabalho em comunidades pesqueiras artesanais, fazendo-se pesquisas e atuando conjuntamente com o pescador na solução dos problemas e nas melhoria da situação existente.

Durante 12 anos, a CMU adquiriu conceituação, filosofia e política de ação próprias ao desenvolvimento de trabalhos em comunidades pesqueiras artesanais nas áreas de educação, saúde e no setor sócio-econômico.

Em 1982, fundou-se a FUNDIPESCA, Fundação para o Desenvolvimento de Comunidades Pesqueiras Artesanais, na base dos recursos humanos da CMU, dos diagnósticos, da conceituação de desenvolvimento nos setores educacional, saúde e sócio-econômico, e dos próprios bens patrimoniais. A FUNDIPESCA é a CMU com outra estrutura jurídica, inspirada na fé da missão do cristão para implantar uma sociedade mais fraterna.