A FUNDIPESCA sempre se preocupou com os problemas relacionados ao meio ambiente tendo, muitas vezes, tido participação destacada em movimentos em prol do meio ambiente, tais como assembléias populares ante proplemas de contaminação ou projetos de alto risco e grupos de estudos para a preservação do meio ambiente.

Faltavam, no entanto, conhecimento científicos que fornecessem um embasamento mais sólido, suprindo-se essa falta com leituras ou consultas a especialistas.

Em 1995, a FUNDIPESCA se juntou a uma equipe de profissionais ligados aos problemas do meio ambiente, sumamente importante para suas atividades.

Esta equipe, constituída, na sua maioria, por professores da Escola de Biologia da UFBA tem participado de projetos conjuntos com a FUNDIPESCA e procurado novos campos de atuação, alertando a sociedade de certos perigos que o desenvolvimento traz consigo. O Litoral Norte é um campo muito propício para as atividades desta equipe. Era o setor de estudo e pesquisa aplicada que estava faltando à FUNDIPESCA.

Atualmente a FUNDIPESCA está preparando um projeto sobre manguezais e tem concorrido a licitações para monitoramento ambiental.