O setor de educação trabalha com pré-escolar, alfabetização de crianças e adultos, ambos com o método de Paulo Freire e transferência de tecnologia.
A FUNDIPESCA no momento tem:
Nas escolas de Ilha de Maré, fundadas junto com a Secretaria de Educação do Estado da Bahia em 1978, a FUNDIPESCA atua através de um projeto de orientação, formação e acompanhamento do trabalho de professoras leigas que durante esses 18 anos estão conseguindo que as crianças locais cheguem à 4ª série e possam continuar a estudar (no continente), o que não era possível antes, por falta de professor. Este projeto prevê também um trabalho com as comunidades, concretizado através de reuniões de pais de alunos e da formação de Associações de Pais, mobilização que já resultou na construção de 05 prédios para as escolas.
As classes de Alfabetização de Adultos, hoje mantidas com a ajuda do C.A.V. (Colégio Antonio Vieira), está em áreas onde a FUNDIPESCA desenvolve trabalhos comunitários e contempla os membros das Associações, mas, não são suficientes. Já foram 24 classes, reduzidas por falta de recursos.
Na educação informal: a FUNDIPESCA prefere primeiro mostrar e depois explicar como se obtém os resultados. Para isto tem uma Fazendinha Experimental, ainda na fase de implantação e precisando de muita ajuda.