Manca ancora nel diritto internazionale un organo istituzionale che amministra la giustizia penale e che sia riconosciuto da tutti gli Stati. La legittimità della funzione giurisdizionale è in ogni modo garantita dall’esistenza di un accordo preventivo (trattati, statuti e convenzioni) tra gli Stati per effetto del quale gli Stati, all’occorrenza, si sottopongono ad una restrizione della propria sovranità. In generale, dunque, gli organi giudiziari internazionali intervengono solo laddove vi sia stato un precedente impegno (ratifica del trattato o statuto) dello Stato a riconoscere l’organo giudiziario come capace a dirimere le controversie e ad infliggere le pene.

Sono organi giudiziari internazionali (universali): la Corte Internazionale di Giustizia (CIG) e la Corte Penale Internazionale (CPI).

A livello regionale, vi sono poi altri organi giudiziari (o quasi-giudiziari): nel sistema europeo c'è la Corte Europea dei diritti dell’uomo, nel sistema interamericano c'è la Commissione Interamericana dei diritti dell’uomo e la Corte Interamericana dei diritti dell’uomo, il sistema africano prevede la Commissione Africana sui diritti dell’uomo e dei popoli, la Corte Africana sui diritti dell’uomo e dei popoli e la Corte Africana di Giustizia, nel sistema arabo, infine, c'è il Comitato Arabo di esperti dei diritti umani e la Commissione Permanente Araba per i diritti umani. Si tratta, in generale, di istituzioni create per la promozione e la tutela dei diritti umani, che esercitano soprattutto una funzione di controllo (e talvolta di monitoraggio), ma le cui decisioni non sono vincolanti per gli Stati. Il sistema asiatico non prevede ancora un'organizzazione intergovernativa che tuteli i diritti umani: al suo posto vi è l'Asian Human Rights Commission, un'organizzazione non governativa formata da esperti di diritto.

Numerosi sono stati i crimini internazionali compiuti durante i conflitti verificatisi dagli inizi degli anni ’90 in poi. Il sistema penale internazionale vi ha reagito con la creazione di tribunali speciali: Tribunale speciale per la ex Yugoslavia, Tribunale per il Rwanda, Corte Speciale per la Sierra Leone, Tribunale speciale di Giacarta, Tribunale speciale iracheno, Tribunale speciale per la Cambogia.

La prassi di creare apposite corti penali ha la sua origine nei Tribunali di Norimberga e Tokyo, istituiti nel 1945, per punire, rispettivamente, i principali responsabili dei crimini perpetrati durante la seconda guerra mondiale. In realtà, questi Tribunali non hanno tenuto conto dei principi base per un giusto processo (imparzialità e indipendenza): erano costituiti da magistrati appartenenti alle quattro potenze vincitrici. Tuttavia, hanno avuto il merito di rappresentare la comunità internazionale tutta, avendo posto un limite (per la prima volta nella storia) alla supremazia degli Stati - considerati individualmente - nell’esercizio della repressione penale dei crimini internazionali.

In generale, la formazione di Tribunali Speciali non costituisce, dal punto di vista giuridico, una soluzione per la punizione dei reati internazionali, in quanto si tratta di apparati di giustizia ex post, costituiti dopo che i fatti sono stati commessi. Un sistema penale internazionale, che soddisfi e garantisca pienamente giustizia, non può agire con l’eccezione al principio di irretroattività della legge penale.

La creazione della Corte Penale Internazionale (1998) si colloca, in ordine di tempo, in posizione di ideale continuità rispetto ai Tribunali speciali, con la particolarità di essere una Corte permanente che deve agire nel rispetto del principio di complementarietà rispetto alle giurisdizioni nazionali.